民國85年教育部核定通過本校成立「鄉土文化研究所」，即「臺灣文化研究所」之前身，當時乃全國第一個以本土文化為學術研究領域的研究所。民國89年本校設立「社會科教育學系碩士班」和「鄉土文化研究所教學碩士班」，培育高階教育人才。民國90年為達成國民教育目標，提升專業知能，同時培育國民教育領域的研究人才以提升國民教育的整體品質，復成立「國民小學教師在職進修社會科教學碩士學位班」。民國92年「鄉土文化研究所」奉教育部核定改名為「臺灣文化研究所」，轉而以「臺灣文化」的研究為重心，重新調整課程結構，建立以「臺灣文化」為主體性的特色化課程。民國106年8月1日因應本校發展策略需求，文化與自然資源學系和臺灣文化研究所進行整併，臺灣文化研究所改制為「臺灣文化碩士班」和「臺灣文化碩士在職專班」。

研究方向：1.臺灣民俗與宗教信仰。2.臺灣文化資產。3.臺南學與區域研究。

【教育目標－臺灣文化碩士班】

臺灣文化碩士班開辦之初被賦予調和國際化與本土化發展，發揚臺灣文化特色、保存本土文化資產的使命，其係為培育與儲備未來進入「臺灣文化」高階研究人才而設，教育目標如下：

1. 培養具備臺灣文化、地方文化資產與特色、本土教育知識及文化建設能力之人才。

2. 培養具備臺灣文化研究相關文獻蒐集、解讀、整理、分析，與地方鄉鎮區志、文化刊物及本土教材編纂、撰寫能力之人才。

3. 培養具備臺灣文化專題或論文獨立研究學術能力之人才。

4. 培養具備推展臺灣地方文史相關工作及社區營造能力之人才。

【能力指標－臺灣文化碩士班】

1. 具備獨立研究與學術論文寫作之能力。

2. 具備臺灣文化相關文獻蒐集、彙整、書寫與論述之能力。

3. 具備臺灣文化理論與方法論之能力。

4. 具備臺灣民俗宗教、文化資產研究與文化行政之能力。

5. 具備臺灣區域開發、海洋文化與族群文化研究之能力。

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