邱麗娟（2011）：從口供內容看清代前中期民間秘密宗教的活動（1723-1850），興大歷史學報，第23期。

邱麗娟(2009)：清代官方對民間秘密宗教醫療傳教活動的審理--以乾嘉道時期為例，興大歷史學報，第21期。

邱麗娟(2007)：清代民間秘密宗教的醫療活動：以病患求醫、入教為中心，臺灣師範大學歷史學報，第38期。

邱麗娟(2007)：清乾隆至道光年間民間秘密宗教的醫者研究，臺灣師範大學歷史學報，第37期。

邱麗娟(2007)：清代民間秘密宗教的氣功療法與教派傳佈，臺南大學人文研究學報，第41卷，第2期。

邱麗娟(2007)：清代一炷香教的跪香療法，輔仁宗教研究，第15期。

邱麗娟(2007)：傳統元宵節習俗中的女性活動，國教之友，第58卷第4期（總585期）。

邱麗娟(2006)：畫符念咒：清代民間秘密宗教的符咒療法，臺南大學人文研究學報，第40卷第2期。

邱麗娟(2006)：清代民間秘密宗教活動中「 男女雜處」現象的探討，臺灣師範大學歷史學報，第35期。

邱麗娟(2006)：清代民間秘密宗教的誦經療法，臺南大學人文研究學報，第40卷，第1期。

邱麗娟(2005)：以茶治病：清代中期紅陽教的茶療法，臺南大學人文研究學報，第39卷，第2期，人文與社會類。

邱麗娟(2004)：清代民間秘密宗教中的道士---以紅陽教與一炷香教為例，臺南大學人文研究學報，第38卷第2期，人文與社會類。

邱麗娟(2003)：清乾嘉道時期紅陽教的醫療傳教，臺南師範學院學報，第37卷，第1期。

邱麗娟(2002)：清乾嘉道時期民間秘密宗教資金來源之探析，臺南師範學院學報，第35期。

邱麗娟(2001)：清乾嘉道時期民間秘密宗教教首傳教活動之研究，臺南師範學院學報，第34期。

邱麗娟(2000)：盛宣懷與華盛紡織廠的經營。臺南師範學院學報，第33期。

邱麗娟(2000)：近二十年來海峽兩岸明清民間秘密宗教研究之回顧與展望（1979-1999），史耘，第6期。

邱麗娟(1999)：清代前期治蝗政策的探討。史耘，第5期。

邱麗娟(1999)：崔述與顧頡剛疑古歷程的比較研究。臺南師範學院學報，第32期。

邱麗娟(1998)：從自由到禁錮：<<滿族崛起中的女性>>評介。滿族文化，第24期。

邱麗娟、吳明勇、廖鴻琦(1998)：評介Richard Von Glahn 的Fountain of Fortune-Money and Monetary Policy in China 1000-1700。近代中國史研究通訊，第26期。

邱麗娟(1998)：來生富貴：清代乾嘉年間八卦教的資金來源。史耘，第2、3期。

邱麗娟(1998)：從《日本國志》論黃尊憲的經濟改革。臺南師範學院學報，第31期。

邱麗娟(1998)：崔述《考信錄》評析。臺南師範學院學報，第30期。

邱麗娟(1996)：清末臺灣南北基督長老教會傳教事業的比較研究（1865-1895）。臺南師範學院學報，第29期。

邱麗娟(1994)：我國古代的成年禮及其現代意義。刊於台南市濟陽柯蔡宗親會第二屆族員成年禮專刊。

邱麗娟(1993)：簡介一貫道在台灣的發展。臺南師範學院社教系刊，第5期。

邱麗娟(1993)：談如何與小學生介紹歷史人物。國教之友，第528期。

邱麗娟(1992)：清代中葉（1796-1856）雲南銅礦業式微之探討，臺南師範學院學報，第25期。

邱麗娟(1991)：從實際教學談國中歷史第四冊地圖不足的問題。歷史教學，第2卷，第1期。

邱麗娟（2023）:臺南市五條港與「三福三堂」玄天上帝廟宇發展。(2023/10/21)

邱麗娟（2022）:「臺南玉井芒果節與文化觀光活動設計（1991-2020）」。(2022/10/22)

邱麗娟（2021）:新冠疫情下「臺南國際芒果節」產銷活動的調整（2020-2021）。(2021/10/23)

邱麗娟（2019）:當古禮遇見愛情:台南七夕「做十六歲」成年禮與愛情觀光活動的結合。(2019/05/17)

邱麗娟（2018):台南府城地區齋堂與佛、道教的關聯性(2018.10.28)

邱麗娟（2011）：〈臺南地區玄天上帝神蹟傳聞初探，佛光大學歷史研究所主辦，「歷史、儀式與文獻：民間信仰與地域社會國際學術研討會」。（2011.11.8）。

邱麗娟（2011）：臺南（府城）地區齋堂發展的歷史考察，臺南大學文化與自然資源學系「2011文化與區域研究學術研討會：臺南人文與環境」。（2011.5.21）

邱麗娟（2010）：臺南縣玄天上帝信仰探討，臺南大學文化與自然資源學系「2010文化與區域研究學術研討會：臺南人文與環境」。（2010.5.29）

邱麗娟(2009)：臺灣的大學歷史教育之新趨勢（韓文版）。載於韓國東北亞歷史財團主編，《臺灣、香港大學的歷史教育與對韓國之認識》，首爾：韓國東北亞歷史財團。

邱麗娟(2008)：遊走他鄉：清代前期民間秘密宗教跨地域性發展形式的探討，臺中教育大學社會科教育學系「全球化新視野：觀光、移民與社會國際學術研討會」。（2008.12.12）

邱麗娟(2008)：從口供內容看清代前期民間秘密宗教的發展，臺灣敘事學會「第三屆敘事學國際研討會」。（2008.10.4-5）

邱麗娟(1998)：來生富貴：清乾嘉時期華北地區民間秘密宗教的經費來源與流向。載於中央研究院近代史研究所主編，《財政與近代歷史論文集》，上冊。

邱麗娟(1993)：光復前齋教在台南市發展之研究。八十一年師範學院教育學術研討會論文。

邱麗娟（2011）：清乾嘉道時期民間秘密宗教醫療傳教活動之研究，臺北：新文豐出版社。

邱麗娟(2010)《清乾嘉道時期民間秘密宗教醫療傳教活動之研究》（臺北市：新文豐出版社，2010年1月初版），頁1-348。

邱麗娟(2001)：《玉井風華史1987－1996》之沿革篇、抗日篇、宗教篇，臺南縣：玉井鄉公所。

邱麗娟(2000)：設教興財：清乾嘉道時期民間秘密宗教經費之研究。臺北：臺灣師範大學歷史研究所 博士論文。

邱麗娟(1998)：玉井鄉誌沿革篇、抗日篇、宗教篇。臺南：玉井鄉公所。

邱麗娟(1997)：續修臺南市志氏族篇。臺南市政府。

邱麗娟(1996)：續修臺南市志宗教篇。臺南市政府。

邱麗娟(1991)：清代雲南銅礦的經營。臺北：臺灣師範大學歷史研究所 碩士論文。

國科會計畫

邱麗娟(2011)：臺南地區玄天上帝信仰發展之研究，國科會專題研究計畫報告：100-2410-H-024-009-。

邱麗娟(2009)：明清以來經懺善書中有關「血湖信仰」內涵的探討 ，國科會專題研究計畫報告：98-2410-H-024-012-。

邱麗娟(2005)：「教匪剋星」：那彥成對清嘉慶時期民間秘密宗教的剿捕與查辦（1799-1816），國科會專題研究計畫報告：NSC94-2411-H-024-004。

邱麗娟(2004)：禮教與敗俗：清代民間秘密宗教活動中「男女雜處」現象的探討，國科會專題研究計畫報告：NSC93-2411-H-024-002。

邱麗娟(2002)：清代民間秘密宗教中的道士------以紅陽教與一炷香教為例，國科會專題研究計畫報告：NSC91-2411-H-024-010。

邱麗娟(2001)：清乾嘉道時期民間秘密宗教民俗醫療之研究，國科會專題研究計畫報告：NSC90-2411-H-024-004。